Een belangrijk milieuaspect betreft de emissie van ammoniak en broeikasgassen (methaan en lachgas) uit vrijloopstallen ten opzichte van ligboxenstal. Onderzoek hiernaar loopt nog. Wel is het volgende duidelijk geworden:
- Per vierkante meter is de ammoniakemissie in een vrijloopstal slechts 15 tot 35% vergeleken met die van een roostervloer in een ligboxenstal.
- Per koe is de ammoniakemissie op een zandbodem veel hoger dan in een ligboxenstal. De ammoniakemissie per koe van de composteringsbodem en de toemaakbodem is iets hoger dan die van een roostervloer in een ligboxenstal.